D’une façon générale, Swissmetro sera plus sûr que les autres modes de transport ferroviaires, tels les trains de surface ou les métros souterrains, et offrira d'importants avantages de sécurité inhérents à sa conception, comme:

• une utilisation de deux tunnels séparés, un par direction, ce qui rend la collision de deux véhicules impossible;
• un seul type de trafic (pas de marchandises dangereuses, pas de trafic lent à intégrer, un seul type de service);
• un système de guidage qui empêche le déraillement;
• une indépendance totale vis-à-vis des conditions climatiques;
• un site et des accès protégés, faciles à contrôler (pas d'obstacles sur la voie, pas de sabotages, de détournements ou de malveillance possibles de l’extérieur);
• une probabilité d'incendie pratiquement nulle, grâce à l'utilisation de matériaux ignifuges et à la faible concentration d'oxygène dans le tunnel.

De plus, en cas d’accident sérieux, une repressurisation d’urgence du tunnel sera lancée: celle-ci permettra, comme dans les règles de l’aviation civile, d’atteindre en 2.5 minutes une pression viable d’environ 0.6 atm., ce qui correspond à la pression atmosphérique à 5'000 m d'altitude. Les passagers pourront alors respirer convenablement tant dans le véhicule que dans le tunnel.

Par la suite, pour des raisons de confort, la remise en pression sera poursuivie jusqu'à environ une atmosphère.

Enfin, par la présence de liaisons transversales entre les tunnels, l'arrivée des secours et l'évacuation des passagers seront largement facilitées.