Systembedingt wird die Swissmetro eine höhere Sicherheit gewähren können als andere,  schienengebundene Verkehrsmittel wie Eisenbahnen, U-Bahnen etc. Wesentliche Sicherheitsvorteile resultieren direkt aus dem Konzept: 

• zwei getrennte Tunnels, je einer für jede Richtung, was den Zusammenstoss von zwei Fahrzeugen ausschliesst;
• eine einzige Verkehrsart (keine gefährlichen Güter, kein Langsamverkehr, ein vereinfachtes Betriebskonzept);
• ein Führungssystem, das ein Entgleisen verhindert;
• eine völlige Unabhängigkeit von Witterungseinflüssen;
• eine geschützte Anlage mit gesicherten Zugangswegen, die einfach zu überwachten sind (keine Hindernisse auf der Fahrbahn, keine Sabotage- oder Entführungsakte oder andere böswilligen Handlungen von aussen);
• ein fast ausgeschlossenes Brandrisiko dank der Verwendung von nicht brennbaren Werkstoffen und aufgrund des geringen Sauerstoffgehalts im Tunnel (Teilvakuum).

Trotz höchster Sicherheit ist für den Fall eines gravierenden Unglücks vieles vorgesehen: rasche Wiederherstellung des Normaldruckes (zunächst wir bei der Zivilluftfahrt innerhalb von 2 1/2 Minuten jener wie auf 5'000 Meter, anschliessend auf normalen Luftdruck). Nach der Luftzufuhr können die Passagiere im Fahrzeug wie auch im Tunnel normal atmen.

Ferner bestehen Fluchtwege im tunnel, wobei der zweite Tunnel (der Gegenrichtung) mittels Querverbindungen ebenfalls als Fluchtweg und als Zugang der Rettungsmannschaften dient, so dass die Passagiere rasch evakuiert werden können.